Карана-шарира связана с глубоким сном, который иногда соотносят с микросмертью. Глубокий сон - это некое пространство, в котором вы не отождествляете себя ни с физическими объектами, как в бодрствовании, ни с их более абстрактным воспроизведением в свапне (сон с видением образов). Но глубокий сон - это растворение в своей природе, пространстве, где семена содержатся в латентном состоянии. Иногда поглощенность глубоким сном сравнивают с пространством между одним городом (селом) и другим, вы не в бодрствовании и не во сне со сновидениями.
Почему утром иногда бывает тяжело? Если глубокий сон - это переезд из одного города в другой, то это своего рода "иммиграция", новое рождение. Примерно так: вы жили раньше в одной среде, с одними законами, и переезжаете в другую, с другими, которые могут быть лично для вас "диссонансными". Вы хотите жить старым, а не получается. Это не значит, что невозможно, возможно, но надо сонастроиться с новой средой. Как вы "въедете" в новую среду, в новый день, так он и пройдет, потому момент просыпания подобен новому рождению. Все, что бывает в "промежутках", например, вы садитесь в поезд, в аэропорт едете, проходите иммиграционный контроль, входите в здание, где будете работать и т.д., это все важные моменты. Некоторые источники относительно разных начинаний рекомендуют проверять дыхание ("свару"), какие-то просто говорят, что надо встречать все в умиротворенном состоянии. Просыпаться надо очень спокойно, "не вламываться" в новый день и жизнь, а "плавно втекать" в них.
Почему бывает такая "турбулентность" в психофизике после сна, однозначно сказать сложно, можно только общие причины назвать, главная - то, что это серьезный "переход". Это как и смерть, у кого-то она бывает шоковой, резкой, или как рождение, то же самое; у тех, кто практикуют йогу (в смысле не ту, чем сейчас многие занимаются, а садхану), уход бывает ровным и воплощение следующее тоже. Потому в Индии и считают, что "неестественная" смерть - явление не очень хорошее. То же самое и со сном: если вы в течение дня умеете делать хороший тайминг, то в сон вы входите легко, и также выход из сна и вход в бодрствование проходит плавно.