Адеш!
Конечно, Учителя почитаются всегда в начале любой пуджи. Обычно делается очень просто в следующем порядке: сначала вы почитаете Гуру или Ганапати. Если Гуру-пуджу хотите сделать развернутой, то просто берете несложные стотры Ганеши и читаете их вначале. Можно Ганеше поднести рис, цветы и чандан, можно даже все вместе, прочитали мула-мантру Ганеши и сделали подношение со словами «чандан акшат пушпам самарпаями». После этого вы можете взять Гуру-стотру, несколько шлок, которые вам нравятся, прочитать их вначале и дальше, используя простую мантру «АИМ Гураве (Гуруве тоже верно, просто без усиления "у" в "ав") намаха» и «аваханам самарпаями», «мул-мантра и асанам стхапаями» или «самарпаями», «падьям самарпаями» и так все упачары с мула-мантрой Гуру. Можно немного посидеть помедитировать, если есть какое-то чистое и тонкое состояние, можно использовать его как ориентир, с которым делаете все остальные пуджи. Обычно меня учили, что сначала идет Ганапати, потом Гуру (хотя некоторые начинают сразу с Гуру), потом Шива или Вишну, а потом те или иные женские Деваты. Мула-мантра + стандартная модель упачар, так можно для любых Деват делать пуджи быстро и легко. Перед подношениями вы можете делать ньясы, дхьяну и джапу, а после подношений можно попеть какие-то стотры, кавачи, шатанамы, тришати, сахасранамы и т.п.
Что касается рудракши, она и есть сам Шива, поэтому везде к ней такое отношение у тех, кто это понимает. Рудракша – это мурти, ей тоже делают пуджу, обычно для этого используют всем известные Панча-Брахма-мантры, но есть ритуалы более детальные, где идет активация каждой бусины. В нее могут делать и пранапратиштху и авахану, но я не могу это все объяснить в короткой форме. Есть другие способы подготовить малу, кто-то, например, приносит ее в Индии в крупные храмы, древние и «намоленные», и касается рудракшей Шива-лингама (обычно священники понимают, что человек делает). Другой способ – если есть Гуру, от которого вы реально чувствуете силу, какой-то Сиддха-пуруша, можно дать ему подержать малу, чтобы он наполнил ее силой.